Organismo principale è l'Assemblea dei delegati. Il Comitato di Presidenza è composto da tre membri: Presidente, Vicepresidente, Segretario-Tesoriere. Le Commisioni sono l'organo operativo del Consiglio, mentre l'Associazione degli Amici del CCCM svolge il delicato compito di finanziatore delle attività del Consiglio,
Il Consiglio delle Chiese Cristiane di Milano ha una struttura agile e che mira a favorire tutte le Chiese nel comune cammino di conoscenza reciproca, di riflessione ecumenica e di proposta evangelica verso l’esterno.
Organismo principale è l’Assemblea dei delegati, costituita dalle delegazioni delle Chiese, che si riunisce mensilmente e dà l’inidirizzo operativo alle Commissioni. Sta all’Assemblea valutare le proposte di iniziative presentate dalle Commissioni, fissare temi di riflessione comune, autorizzare partecipazioni del Consiglio a manifestazioni esterne. Ogni anno l’Assemblea elegge il Comitato di Presidenza.
Il Comitato di Presidenza è composto da tre membri: Presidente, Vicepresidente, Segretario-Tesoriere. Sta in carica un anno e non più di un biennio. I tre componenti del Comitato appartengono alle tre confessioni ecclesiali – ortodossa, cattolica, evangelica – che assumono le cariche a rotazione. Compito del Comitato è di facilitare la messa in opera delle decisioni assunte in Assemblea, coordinare le iniziative delle Commissione, rappesentare il Consiglio nelle varie sedi istituzionali, e garantire il rispetto dello statuto.
Le Commisioni sono l’organo operativo del Consiglio. Ad esse il compito di dare pratica attuazione alle finalità stesse del Consiglio, ai programmi annuali, alle iniziative via via indicate e richieste dall’Assemblea. In collegamento con il Comitato di Presidenza, le Commissioni, con il loro responsabile, si danno metodi e tempi di lavoro e possono agilmente agire nell’organizzazione di incontri e manifestazioni.
L’Associazione degli Amici del CCCM svolge il delicato compito di finanziatore delle attività del Consiglio, di raccolta fondi e di ricerca sponsor.