Nel 1991 ha avuto la sua autonomia e il suo Patriarcato, con sede ad Asmara

La chiesa Ortodossa Eritrea per lunghi anni è stata dipendente dalla Chiesa Ortodossa Etiope. Nel 1991, con la liberazione e l’indipendenza dello Stato eritreo, la chiesa Ortodossa Eritrea ha avuto la sua autonomia e il suo Patriarcato, con sede ad Asmara.
Il 1° Patriarca l’Abuna Ficipos, fu eletto nel 1993.
Nel mese di marzo 1994 padre Taddese, sacerdote eritreo, è arrivato a Milano munito di documento rilasciato dal Vescovo Ortodosso di Asmara (Eritrea) che gli conferisce l’incarico di svolgere azione pastorale a favore dei membri della comunità eritrea residenti in Lombardia.
Nel 1995 con la collaborazione della Curia arcivescovile di Milano ha avuto, in comodato, la parrocchia ex Buon Pastore in via Conca del Naviglio 28, Milano, dove la chiesa Ortodossa Eritrea Santa Maria è stata per dieci anni la sede del culto domenicale dalle ore 8 alle 12, e il giovedì e sabato pomeriggio celebra la S. Messa, l’insegnamento religioso e il catechismo per i giovani che sono numerosi.
Nel mese di marzo 2007 si è trasferita nella nuova chiesa sita nell’area ex Ospedale Paolo Pini in via Ippocrate 45, Affori, avuta in comodato dalla Provincia di Milano.