Il prete nella parrocchia è scelto dalla comunità in accordo con il Vescovo, deve aver seguito una formazione teologica. Per le parrocchie numerose, il sacerdote responsabile della parrocchia ha il titolo di “qommos” (arciprete). Il consiglio della parrocchia, eletto dai parrocchiani, affianca il parroco per le questioni amministrative.
Il Vescovo é la maggiore autorità nella diocesi. Il primato dei Vescovi é nella figura del Papa.
Il Primato della Chiesa Copta risiede principalmente al Cairo, e porta il titolo ufficiale e tradizionale di Papa di Alessandria, Patriarca della sede di San Marco (recentemente è stato aggiunto “e di tutti i copti ortodossi nel mondo”). L’organo più alto nella Chiesa è il Sinodo del Vescovi presieduto dal Papa.
Inoltre esiste un consiglio civile eletto dai fedeli con funzione di organo consultivo per la chiesa, presieduto dal Papa.
Il Papa attuale è S.S. Shenuda III, il 117° nella successione dei Papi di Alessandria.
Il primo incontro fra il Papa di Alessandria (S.S. Shenuda III) e il Papa di Roma (S.S. Paolo VI) è avvenuto nel 1973 per la prima volta dopo 1500 anni dallo scisma.
Il secondo incontro è avvenuto durante la visita di S.S. Giovanni Paolo II al Cairo nel febbraio 2000.